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先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

概要

研究支援代表者 小原 雄治(国立遺伝学研究所・系統生物研究センター・特任教授)
支援機能 先進ゲノム解析
実施期間 平成28~33年度
URL http://www.genome-sci.jp/

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支援内容

大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動

新規ゲノム決定の支援 植物、脊椎動物(ヒト以外)、無脊椎動物、藻類、原生動物、細菌等の新規ゲノム配列決定を行います。次世代シーケンシングの中でも最先端の長鎖シーケンシング等も導入し、クオリティの高いゲノム配列決定を行います。
変異解析の支援 ゲノム配列が決定された生物について、体細胞変異解析、ハプロタイプ解析、SNP(Single Nucleotide Polymorphism)やCNV(Copy Number Variation)の解析等を、最先端のシステムおよびテクノロジーを導入しながら、支援を行っています。
修飾解析の支援 ゲノム配列が決定された生物について、エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質等の修飾について支援を行っています。1分子計測技術を用いたDNA修飾、RNA修飾の解析も行っています。
RNA解析の支援 ゲノム配列が決定された生物のRNAサンプルを対象に、RNA種のコピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等に関する解析の支援をしています。
メタ・環境・ホロゲノム解析の支援 生体由来サンプルから環境由来サンプルまで、共生および相互作用に関わるDNA、RNA、1細胞の解析など、様々な試料のシングルセルゲノム・メタゲノム・ホロゲノム解析支援を行っています。
超高感度解析の支援 1分子シーケンシング、1細胞シーケンシングに最先端のシステムを導入し、極微量シーケンシングの支援を行っています。経時的な変化の解析にも対応いたします。併せて技術支援者の訓練も行っています。

高度情報解析支援ネットワーク活動

基盤的解析パイプライン高度化開発による支援 ビッグデータに対応するワークフローなどの高度化開発により解析パイプラインを整備し、それら最先端解析パイプラインを駆使した解析支援を行っています。
総合的ゲノムアノテーションの高度化開発による支援 ゲノムやメタゲノムなどの情報から、高次のアノテーション情報を得るための高度な技術を開発し、それら最先端解析技術を駆使した支援を行っています。
多層統合ゲノム情報解析技術を駆使した高度化開発による支援 ゲノム解析やRNA解析などで得られた多様かつ膨大な多層ゲノム情報を統合的に解析する技術を開発し、それら最先端解析技術を駆使した支援を行っています。
AI化知識ベースの構築 高度解析支援の自動化を目指して、支援活動で蓄積されたデータや知識を蓄積し、より効率の良い支援を行えるようにします。
超高度情報処理技術に関する開発課題の立案と開発支援 常に最先端が要求されるゲノム科学において、極めて高い解析技術が要求される支援課題に対応するために超高度処理技術を開発し、支援に活用していきます。